Фантастични са образуванията в пещерата - сталактити, сталагмити, сталактони, синтрови джобчета, пещерни бисери, "пещерно мляко". Някой от тях, освен с красотата, поразяват и с размерите си - "Големият сталактон" има Височина над 20 м и диаметър на основата 4 м; "Падналият бор" е най-големият сталагмит в изследваните български пещери с дължина над 11 м и диаметър в основата около 6 м.

В надлъжния профил на пещерата се разкриват две нива, по които на много места са запазени речни чакъли, споени с карбонатно вещество. Чакълите са разположени на два етажа и маркират етапите на всичане на подземната река, създала пещерата. Чакълите произхождат от скали, изграждащи ядрото на Белоградчишката гънка и се различават коренно от аптеките варовици, в които е създадена пещерата.

Рабишката могила, в която е образувана пещерата, представлява малка моноклинала - остатък от мезозойската мантия на Белоградчищката гънка. Тя е наклонена на северсевероизток и има простиране 95 - 115°. В тази моноклинала най-широко са разпространени силно окарстените аптеки ургонски варовици, които изграждат средната и високата част от южния склон и изцяло северния склон на Рабишката могила. Три системи основни пукнатини са послужили като главни водопроводящи пътища за развитието на карстовия процес във варовиците.

Трите етапа в развитието на пещерата Магура се потвърждават и от нейния асиметричен план. Страничните й зали и коридори са развити в югозападната част на Рабишката могила, от която страна са проникнали водите, създали пещерата.

Приемаме, че образуването на пещерата Магура е започнало преди около 15 милиона години. Магура е типичен пример на пещера, развита в алогенен тип карст.