Манастирът се намира в подножието на Стара Планина, между селата Раковица и Киреево. Народното предание отнася неговата поява в Първата българска държава, а разоряването му - след 1396г. от османските турци.
На няколко пъти Раковишкият манастир е подновяван и опожаряван. В сегашния си вид той е възстановен от свещеника Герасим през 1825г. За това свидетелства надписът в храма. Ктиторите на манастира отварят в него училище за подготовката на учители и свещеници. Това става с помощта на Петрак Шишманов от Видин. При игумените Партений, Данаил, Серафим и Иларион в манастира действа училище за децата от околните села.
Важен момент в подготовката на въстание в Северозападна България имат съвещанията в Раковишкия манастир през 1849 - 1850г. Участие в тях взема игуменът на манастира Серафим.
По време на Сръбско-Турската война през 1876г. смесен сръбско-български отряд, под ръководството на руския доброволец Н.А. Киреев, навлиза в района на селата Раковица - Влахович(Подгоре). На 6 юли с.г. отрядът е разбит от турците, а неговият ръководител капитан Киреев загива. Погребан е в двора на Раковишкият манастир.
Раковишкият манастир и стенописите в църквата са обявени за паметник на културата. Държавен вестник N100 26 декември 1969г. N941 декември 1972г.