Християнската вяра в Бонония започва да прониква в края на II век. След официалното призвание на християнството то заема господствуващо положение в духовно-религиозната култура.След разрушаването на Рациария от аварите (588г.) епископията е преместена в Бонония. Това се потвърждава от едно сведение, че в заседанията на Латеранския (Римски) църковен събор през октомври 649година в него взема участие Луминос, епископът на Бонония.
Църквата в с.Ботево е построена на дунавския бряг. В района на селото са открити паметници от античността.
Църквата има форма на кръст.Стените са изградени изцяло от тухли, споени с хоросан, и са дебели 1.30 м. Входът е откъм запад. В нея се влиза по четири издълбани в камък стъпала, тъй като подът е по-нисък от околния терен.
Апсидата е тристенна отвън и полукръгла (Цилиндрична) отвътре.Олтарната част на църквата обхваща цялото източно рамо на кръста.Подът на олтара е настлан с тухли.
Намерени са части от ранносредновековна (византийска) керамика, късове от амфори с остро врязани гъсти и дълбоки линии, които се отнасят към VI век. За по-ранна дата от съграждането на църквата говорят намерените тухли със знаци от типове, познати в ранното византийско средновековие. Следователно църквата трябва да се постави поне стотина години по-рано от VI век. Разрушена е от нахлулите племена.
В насипа, затрупал църквата, са намерени парчета славянска керамика. Това е доказателство, че след нейното разрушаване през IX-X век на това място има живот. В България са известни две църкви от този тип : В Бобошево и в Сапарева баня.
Църквата в с.Ботево, Видинско е обявена за паметник на културата.